Les produits biologiques permettent de diminuer considérablement l’ingestion de substances chimiques nocives, grâce à un mode de production exempt de pesticides de synthèse. C'est particulièrement précieux pour les femmes enceintes et les enfants, qui sont des publics à risques vis-à-vis des pesticides dont certains sont des perturbateurs endocriniens suspectés ou avérés.

L’INSERM2 a rendu public un rapport en juin 2013 « pesticides effets sur la santé – expertise collective » qui reprend les données de la littérature scientifique internationale publiées au cours des trente dernières années. Cette expertise met en exergue la dangerosité de certains pesticides sur la santé.

Les expositions aux pesticides durant la période prénatale et périnatale ainsi que lors de la petite enfance semblent être particulièrement à risque pour le développement de l’enfant.

Il semblerait également que l’ingestion de résidus de pesticides par voie alimentaire peut être suffisante pour affecter la spermatogénèse. En effet, des chercheurs américains ont recensement montré que la consommation de fruits et légumes parmi les plus contaminés par des résidus de pesticides pouvait avoir un impact sur la qualité du sperme3.

A contrario, les produits biologiques, exempts de résidus de pesticides, sont plus riches en certains nutriments et en antioxydants, ce qui permet non seulement une alimentation équilibrée mais en outre un meilleur entretien de l'immunité naturelle. Selon une étude de l’Université de Newcastle, la concentration en antioxydants dans les fruits, les légumes et les céréales bio est de 19 % à 68 % plus élevés que dans les produits dit « conventionnels ». Les antioxydants sont connus pour avoir des effets bénéfiques sur la santé notamment en ce qui concerne la réduction des risques de maladies chroniques, tels que les maladies cardio-vasculaires, neurovégétatives et certains cancers. Cette même étude montre que la concentration en cadmium, la teneur en azote (nitrate et nitrite) et la détection de résidus de pesticides sont sensiblement inférieurs dans les produits issus des cultures biologiques.

Ces bénéfices découlent à la fois des pratiques agricoles biologiques (variétés mieux adaptées au milieu lorsqu'elles sont disponibles, polyculture-élevage, engrais organiques, croissance plus lente, etc.) et des règles de transformation et de conservation bio des aliments, qui interdisent notamment les traitements ionisants (l’irradiation des aliments entraîne la destruction d’une partie des nutriments et vitamines). Les aliments issus de l’agriculture biologique semblent donc avoir de nombreux avantages.